免疫共沉淀-质谱（IP-MS）蛋白质组学技术
技术原理
基于无标记蛋白质组学技术，鉴定与目的蛋白相互作用的蛋白质。采用免疫共沉淀方法，以目的蛋白为诱饵，将目的蛋白抗体与样本内总蛋白共孵育，形成复合物，纯化后凝胶电泳分离蛋白。然后直接采取液相色谱-质谱联用，对酶解后肽段进行质谱分析。通过计算质谱信号响应强度或谱图数目，获取与目的蛋白相互蛋白的定量信息。
应用领域 -
鉴定目的蛋白的相互作用蛋白
技术优点
检测蛋白丰度动态范围达6个数量级
可重复性高
样品制备便捷，蛋白损失少
样品要求
- 蛋白质提取物 ≥50 μg
- 细胞 ≥10^6 个
-
组织
≥100 mg （动物组织）
≥10 mg （植物组织） -
体液
≥5 μL （血清、血浆）
≥25 mL（尿液）
≥5 ml（唾液、脑脊液等体液）
可选仪器
- Obitrap Fusion Lumos
- Obitrap Fusion
- Q Exactive HF
- Q Exactive Plus
- Q Exactive
技术流程
样本提取蛋白质，免疫共沉淀形成蛋白质复合物，经过还原，封闭后蛋白酶酶切（通常为trypsin），肽段混合物液相分离后，进行MS/MS质谱检测。然后对质谱仪产出的数据进行蛋白质组鉴定及生物信息学分析。
数据分析内容
- 质谱数据质量评估
- 数据库鉴定数据统计
- 多样本间分类统计、聚类分析(适用于样本数大于3的项目)
- GO (Gene Ontology) 富集分析
- KEGG Pathway通路富集分析
- 蛋白质相互作用（PPI）网络分析
参考文献
Marcon, E., Jain, H., Bhattacharya, A., Guo, H., Phanse, S., Pu, S., ... & Guo, X. (2015). Assessment of a method to characterize antibody selectivity and specificity for use in immunoprecipitation. Nature methods, 12(8), 725-731.