蛋白质组学实验的前期和后期需要其他技术支撑。前期急需解决的问题即参考蛋白质序列库的建立。非模式生物往往没有已知的蛋白质序列库。转录组测序技术能在全基因组范围内以单碱基分辨率鉴定并定量某一样品中的所有转录本，为建立理论蛋白质序列库提供可能。蛋白质组学实验后期通常需要针对差异蛋白质进一步实验验证，如免疫印迹（WB）和实时定量PCR等。