聚类分析又称表达模式分析。通常,表达模式相似的蛋白质具有相近的生物学功能。通过聚类分析,获取不同样本的差异表达模式,比较不同样品之间的相似性和差异性。分析结果提供不同的蛋白簇(protein cluster),即具有相似表达模式的蛋白质所组成的集合。不同的蛋白簇可以进一步通过Gene Ontology富集分析和KEGG通路富集分析解析对应蛋白簇所执行的核心功能、信号通路等信息。