- 生物标志物应用分析
通常在疾病样本和正常样本之间鉴定差异蛋白质组的情况下，寻找疾病生物标志物和药物靶标是主要目的。通过数据库匹配和信息学预测，确定鉴定的显著差异表达蛋白质是否已经或可能作为疾病的生物标志物。
- 功能/疾病关联分析
利用数据库中已有的蛋白质和功能/疾病关联关系，对差异表达蛋白质数据集进行富集分析，获取差异蛋白参与的生物学功能/疾病效应。
- 调节因子分析
对感兴趣蛋白的调节因子分析包括上游和下游分析。简单地说，上游分析即哪些蛋白调控了这些目标蛋白，下游分析即这些目标蛋白有没有可能作为调节因子调控其他蛋白。